El estudio sobre Diversidad Biológica de la República de Honduras evidencia que la riqueza del país conocida hasta la fecha representa el 2,5% de la flora mundial. Existen 7,524 especies de plantas vasculares registradas en Honduras, de las cuales 244 se consideran endémicas o de distribución limitada y 35 se consideran amenazadas. La más reciente lista de aves cuenta 718 especies, de las cuales 59 están bajo amenaza nacional y 5 están en la lista de especies bajo amenaza de la IUCN (incluyendo la única ave endémica de Centro América, la Amazalia lucidae). Existen 228 especies de mamíferos incluyendo 6 endémicas y 19 especies bajo amenaza. Existen 211 especies de reptiles incluyendo 15 lagartijas y 111 anfibios incluyendo 36 endémicos. Existen 2,500 especies de insectos incluyendo 14 endémicos y un total de 672 especies de peces (Vreugdenhil et al., 2002; SERNA/DiBiO, 2001).
El 53% de la superficie de Honduras posee cobertura boscosa con diferentes grados de conservación. Los tres principales ecosistemas boscosos son el Bosque latifoliado, el Bosque de Confieras y los bosques de Mangle
Honduras también posee gran riqueza de ecosistemas marino costeros. En la costa Pacifica, el ecosistema de manglar cubre aproximadamente 500 km2 abarcando todo su litoral, a excepción de pequeñas porciones de playa. En este lugar se encuentra el sitio Ramsar 1000, refugio aves migratorias y de especies en peligro de extinción. La costa Caribe con 671 km de playa, lagunas costeras, manglares y más de doscientos islotes y cayos que forman parte del sistema arrecifal mesoamericano, proveen hábitat a diversidad de formas de vida como así también el principal recurso turístico del país.
Honduras obtiene su energía de tres fuentes, hidrocarburos, hídrica y biomasa. Hasta el año 1990 el 99% de la energía eléctrica provenía de plantas hidroeléctricas estatales. Si bien, dadas las condiciones topográficas y de precipitación existe un enorme potencial para la generación hidroeléctrica, esta no ha sido debidamente aprovechada. La falta de inversión pública y privada en fuentes de energía renovable, ha provocado que la demanda de energía surgida en los últimos años fuera cubierta con plantas térmicas a base de combustibles fósiles. Actualmente el 65 % de la energía que se consume proviene de estas plantas. El 36 % de los hidrocarburos son utilizados en la producción de energía eléctrica, el resto lo consume en su gran mayoría el transporte. Honduras no produce hidrocarburos, por lo que esta dependencia, afecta en gran medida la balanza comercial.
Actualmente existen proyectos para la utilización de fuentes alternativas de energía, además de la hidroeléctrica, como lo son el biodiesel (Honduras posee miles de hectáreas de palma africana) y el etanol a partir de bagazo de caña.
Si bién el aporte de los recursos naturales al PIB ha disminuido en gran proporción en los ultimos 30 años, la población aún es altamente dependiente del uso de recursos naturales. La biodiversidad y los bosques se encuentran bajo presión extrema debido a la deforestación, especialmente en áreas agrícolas fronterizas de zona húmeda, como resultado de la extensa cría de ganado, el descombro especulativo de la tierra, y la expansión de la frontera agrícola por parte de pequeños agricultores (expulsados de las mejores tierras). La estabilidad de los recursos naturales y de los ecosistemas, así como su capacidad de mantener el sustento rural, se encuentran amenazadas por el manejo inapropiado de la tierra y el agua, especialmente en la zona seca. Según el Programa Nacional Forestal 2004-2021, anualmente se pierden entre 80,000 y 100,000 hectáreas debido a la tala ilegal, los incendios y al ampliación de la frontera agrícola.
Revertir estos procesos resulta difícil por varios factores, entre ellos, políticas sectoriales que no atienden los problemas de forma integral, así como políticas centralizadas; regulación inefectiva y condiciones inadecuadas de gobernabilidad; consideración inadecuada de los problemas ambientales en las iniciativas de desarrollo rural; la falta de acceso a la información y baja capacidad técnica de los actores locales.
Con el afán de revertir esta situación, Honduras viene realizando esfuerzos desde mediados de la década del '90, convirtiéndose en signatario de las convenciones internacionales vinculadas al ambiente, desarrollando e implementando una Política Ambiental Nacional, generando espacios de concertación y mejorando instrumentos para una gestión ambiental eficiente.
En su Informe de País sobre las METAS DEL MILENIO, Honduras propone en su Meta No. 9 "Incorporar los principios del desarrollo sostenible en las políticas y en los programas nacionales e invertir la pérdida de recursos del medio ambiente" y se plantea los siguientes desafíos:
Revertir la tendencia de destrucción de los bosques hondureños, en particular el latifoliado, por ser el que más se ha destruido, tarda más en regenerarse y alberga una mayor biodiversidad.
Es prioritario la aplicación de medidas que incidan en la reducción de los niveles de emisiones de gases por fuentes fijas y vehiculares.
Aplicar el marco de políticas ambientales que existe desde hace algunos años y que están plasmadas en documentos como son: perfiles ambientales, planes de acción ambiental, la ERP y el plan de gobierno.
Ordenar el funcionamiento del marco institucional y diseñar una estrategia ambiental integral por parte del Estado que facilite la coordinación interinstitucional y la búsqueda y el uso de financiamiento para la ejecución de programas y proyectos ambientales. Esta política ambiental debe definir claramente los mandatos y funciones que cada actor e institución debe cumplir.
Fortalecer las capacidades de la SERNA para que esta entidad pueda asumir con mayor propiedad el rol que le corresponde en el campo medioambiental, como también fortalecer las otras instituciones que forman parte del sistema de gestión ambiental del país.
Es importante que los programas y los proyectos sobre los recursos del medio ambiente sean realmente sostenibles y con una visión de largo plazo y que haya un sistema de monitoreo, seguimiento y control de los mismos.
Agilizar la aprobación y aplicación de leyes sobre el manejo de recursos naturales y ambientales, tales como: la Ley Marco de Agua, Ley Forestal y la Ley de Áreas Protegidas. También es pertinente crear los reglamentos especiales para el desarrollo y la aplicación de las leyes existentes en materia ambiental.
Con respecto a la normativa existente, deben asegurarse instrumentos y mecanismos que permitan el cumplimiento de la normativa existente.
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